feat: 安裝結構收進 system-dev/(不污染用戶根目錄)+ 舊版自動遷移 + bump 1.9.0

工具產物原散在用戶根目錄(docs 七層、scripts),又把 wiki/VERSION 寄生在 CC 原生
.claude/ 裡,用戶分不清哪個 docs 是工具的。這版徹底收斂:除 .claude/(settings/
commands/hooks)與 CLAUDE.md 留根,工具所有資料收進 system-dev/。

對應 SDD: system-dev/docs/3-specs/install-layout/(內部記錄,依原則不推)。

- 新結構 system-dev/{VERSION,wiki/,docs/,scripts/};.claude/ 只剩 CC 機制檔
- wiki 改寫產物落點正式化:install 建 system-dev/wiki/cards/(.gitkeep)
- docs 雙語義拆開:工具文件→system-dev/docs/;用戶 raw source 維持原處只讀
- scripts 一開始就裝進 system-dev/scripts/
- 舊版自動遷移雙保險:update.sh 冪等搬移(wiki 含 .git、docs 白名單)
  + session-start hook 偵測舊結構未遷移時提示(low-code 用戶兜底)
- wiki-secret-scan 觸發路徑改 system-dev/wiki/**(否則新結構防護失效)
- 全套路徑引用同步:CLAUDE/SKILL/wiki-*/sdd-*/hooks/INDEX/README(中英)
- 沙盒驗證:遷移含 .git commit 一致、冪等、用戶自填 docs 保留;全 bash -n 過

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

README.md

@@ -13,7 +13,7 @@ CC 是個優秀的工程師，但不是個好的專案經理。它會猛衝完
 | 系統 | 解決什麼 | 核心機制 |
 |------|---------|---------|
 | **SDD 系統** | 全局觀、先想再做 | 動手前必須有 design.md + tasks.md |
-| **LLM Wiki** | 記憶累積、文件有序 | 雙空間：原始文件（人寫）+ .claude/wiki/（AI 整理）|
+| **LLM Wiki** | 記憶累積、文件有序 | 雙空間：原始文件（人寫）+ system-dev/wiki/（AI 整理）|
 
 > **不只程式碼專案、不只 Claude Code。** LLM Wiki 現在也認得 **Logseq / Obsidian vault**——
 > 安裝時自動偵測你在哪種資料夾，把對應的「原始文件來源」寫進 `CLAUDE.md`，整理 wiki 時只讀那裡、
@@ -91,7 +91,7 @@ curl -sSL https://raw.githubusercontent.com/uncle6me-web/system-dev-template/mai
 | 🔒 **完全不碰**你的內容與設定 | `wiki/status.md`、`mistakes.md`、`decisions-summary.md`、`.wikiignore`、`settings.json`、`CLAUDE.md` |
 
 > **為什麼第一次要用 curl？** 舊版本機還沒有 `update.sh`，所以第一次得從遠端抓它下來跑。
-> 跑完它會把自己也裝進 `scripts/update.sh`，**之後更新直接跑** `bash scripts/update.sh` 就好，不用再 curl。
+> 跑完它會把自己也裝進 `system-dev/scripts/update.sh`，**之後更新直接跑** `bash system-dev/scripts/update.sh` 就好，不用再 curl。
 
 更新只會動「已安裝的模組」（裝了 wiki 就更新 wiki，裝了 SDD 就更新 SDD），偵測自動完成。
 若 `settings.json` 缺了新版才有的 hook，它不會幫你改設定，但會在結尾**列出來提醒你手動補**（不擅自動你的設定）。
@@ -112,7 +112,7 @@ LLM Wiki 原本假設「原始文件放在 `docs/`」，但 Logseq、Obsidian
 | 都沒有 | 一般專案 | `docs/`（維持原行為）|
 
 寫進 `CLAUDE.md` 的這段宣告是**給 AI 讀的指令**——它告訴整理者「原始文件在哪、整理 wiki 時只讀那裡」，
-而且對 vault **明令不得搬動、改名、重新分類 `.md`**，整理結果一律只寫進 `.claude/wiki/`。
+而且對 vault **明令不得搬動、改名、重新分類 `.md`**，整理結果一律只寫進 `system-dev/wiki/`。
 這樣面對筆記 vault 也不會破壞它原本的結構，筆記不會變得不可讀。
 
 > **已有 `CLAUDE.md`？** 一律不覆蓋（維持「已有的不動」原則），改在安裝結尾**列出該補的宣告**提醒你手動貼。
@@ -122,44 +122,54 @@ LLM Wiki 原本假設「原始文件放在 `docs/`」，但 Logseq、Obsidian
 ## Cowork 也能整理 wiki
 
 整理 wiki 的人不再只有終端機裡的 Claude Code——**claude.ai 的 Cowork** 也可以。
-`docs/SKILL.md` 提供一個給 Cowork 用的 skill（`wiki-cowork-scan`），它與 CC 的 `/wiki-init`、`/wiki-capture`
+`system-dev/docs/SKILL.md` 提供一個給 Cowork 用的 skill（`wiki-cowork-scan`），它與 CC 的 `/wiki-init`、`/wiki-capture`
 **共用同一套規則**：
 
-- 掃描 `~/Documents` 下所有裝了 system-dev-template（含 `.claude/wiki/`）的資料夾
+- 掃描 `~/Documents` 下所有裝了 system-dev-template（含 `system-dev/wiki/`）的資料夾
 - 用**和 `install.sh` 一致的偵測邏輯**判斷每個資料夾是一般專案 / Logseq / Obsidian
-- 只讀 raw source、只往 `.claude/wiki/` 增補（不覆蓋、不刪除），**絕不動** raw source、`CLAUDE.md`、`logseq/`、`.obsidian/`、`assets/`
+- 只讀 raw source、只往 `system-dev/wiki/` 增補（不覆蓋、不刪除），**絕不動** raw source、`CLAUDE.md`、`logseq/`、`.obsidian/`、`assets/`
 
 **CC 與 Cowork 輸出格式相同**，任一方整理過的內容，另一方看到就跳過或補充，不重複也不覆蓋。
 適合掛在 Cowork 的定期排程，讓本機所有 wiki 自動保持更新。
 
-> 想用：把 `docs/SKILL.md` 提供給你的 Cowork 當 skill 參考，再對它說「整理 wiki」即可。
+> 想用：把 `system-dev/docs/SKILL.md` 提供給你的 Cowork 當 skill 參考，再對它說「整理 wiki」即可。
 
 ---
 
-## 目錄說明
+## 安裝後，你的專案會長這樣
+
+> 設計原則：除了 CC 原生的 `.claude/` 和 `CLAUDE.md` 留在根目錄，**工具的所有資料都收進 `system-dev/`**，
+> 不在你的根目錄撒一堆資料夾、也不跟你自己的 `docs/` 混在一起。
+
+```
+你的專案/
+├── CLAUDE.md                ← 導航牌（CC 開 session 自動讀，必須留根）
+├── .claude/                 ← 只放 CC 原生機制檔
+│   ├── settings.json        ← 掛 hooks
+│   ├── commands/            ← Slash commands（/wiki-init 等）
+│   └── hooks/               ← 硬攔截（接關 + SDD 協議 + wiki 機敏掃描）
+├── system-dev/              ← 工具所有資料收這裡
+│   ├── VERSION
+│   ├── wiki/                ← CC 的記憶空間（含 cards/ 改寫產物落點、.wikiignore）
+│   ├── docs/                ← 文件結構（六層分類 + SKILL.md）
+│   └── scripts/             ← install.sh / update.sh（裝好就在這，下次直接跑）
+└── （你自己的檔案 / docs / 筆記 vault —— 工具只讀、不搬、不碰）
+```
+
+## 這個 repo 自己的目錄
 
 ```
 system-dev-template/
-├── template/           ← 複製到新專案的骨架
-│   ├── CLAUDE.md       ← 填空版導航牌
-│   ├── docs/           ← 文件結構（六層分類）
-│   └── .claude/
-│       ├── wiki/        ← CC 的記憶空間（含 .wikiignore 機敏排除）
-│       ├── commands/    ← Slash commands
-│       ├── hooks/       ← 硬攔截（接關 + SDD 協議 + wiki 機敏掃描）
-│       └── settings.json ← 掛 hooks（install.sh 依模組組裝）
-│
+├── template/               ← 發佈源：install/update 從這裡抓檔
+│   ├── CLAUDE.md           ← 填空版導航牌（落到用戶根目錄）
+│   ├── .claude/            ← commands/ + hooks/（落到用戶 .claude/）
+│   └── system-dev/         ← VERSION + wiki/ + docs/（落到用戶 system-dev/）
 ├── skills/
-│   └── llm-wiki/       ← 複製到 Legacy-Workspace/.claude/skills/
-│
+│   └── llm-wiki/           ← 複製到 Legacy-Workspace/.claude/skills/
 ├── scripts/
-│   ├── install.sh      ← 已有專案接入腳本
-│   └── update.sh       ← 舊版一鍵更新（只換模板，不碰你的資料）
-│
-└── docs/               ← 這個 repo 自己的說明
-    ├── why.md          ← 設計理念
-    ├── wishlist.md     ← 待補功能與已完成記錄
-    └── SKILL.md        ← 給 claude.ai Cowork 的 wiki 整理 skill（wiki-cowork-scan）
+│   ├── install.sh          ← 已有專案接入腳本
+│   └── update.sh           ← 舊版一鍵更新（含舊結構自動遷移）
+└── docs/                   ← 這個 repo 自己的說明（why.md、wishlist.md…）
 ```
 
 ---
@@ -189,7 +199,7 @@ system-dev-template/
 |------|------|
 | `session-start-recall.sh` | 開 session 自動注入 status 重點，不靠 CC 自覺 |
 | `sdd-guard.sh` | 動 code 檔但沒有任何 SDD → 攔（exit 2），對應 `/sdd-check` 的自動版 |
-| `wiki-secret-scan.sh` | 機敏值要寫進 `.claude/wiki/` → 攔（exit 2），密碼/金鑰/個資的機械底線 |
+| `wiki-secret-scan.sh` | 機敏值要寫進 `system-dev/wiki/` → 攔（exit 2），密碼/金鑰/個資的機械底線 |
 | `pre-write-guard.sh` | 專案自訂禁令範本骨架（預設停用，填 pattern 才生效）|
 
 ---
@@ -200,7 +210,7 @@ system-dev-template/
 
 | 層 | 機制 | 擋什麼 | 性質 |
 |----|------|--------|------|
-| **L1** | `.claude/wiki/.wikiignore`（glob） | 整個機敏檔不編入 | 協議（CC 遵守）|
+| **L1** | `system-dev/wiki/.wikiignore`（glob） | 整個機敏檔不編入 | 協議（CC 遵守）|
 | **L2** | 行內標記 `<!-- wiki:ignore -->`…`<!-- wiki:end -->` | 檔案內某段不編入 | 協議（CC 遵守）|
 | **L3** | `wiki-secret-scan.sh` hook | 機敏值真的寫進 wiki → exit 2 擋 | **硬攔截（機械偵測）**|