diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md
index cb5c363..ca8ecf4 100644
--- a/CHANGELOG.md
+++ b/CHANGELOG.md
@@ -10,6 +10,18 @@
 
 ---
 
+## 1.3.1 — 修：update.sh 不再覆蓋客製的 pre-write-guard.sh（issue #3）
+
+**修正**
+- `scripts/update.sh` 原本把 `pre-write-guard.sh` 列在「覆蓋更新」區，**無條件**用模板空殼蓋掉。
+  但此檔的定位是「使用者手填的 guardrail 客製檔」（CHANGELOG 1.2.0），下游通常已塞滿自己的 enforcement，
+  且 `update_file` 覆蓋**無 `.bak` 備份**——跑一次 update 等於無聲關掉整套 guardrail（如 Arcrun 的 KNOWN_SDDS 白名單、薄殼原則強制等數百行）。
+- 改法（issue 建議方案 1）：新增 `keep_with_template()`，把 `pre-write-guard.sh` 移出覆蓋區。
+  **原檔永不覆蓋**，改把最新模板版另存成 `pre-write-guard.template.sh` 旁邊，更新結尾印出 `diff` 指令供使用者自行採納。
+  首次安裝（原檔不存在）才會直接抓本體。`install.sh` 路徑本就用 `download_if_missing`（已存在即跳過），無此問題。
+
+---
+
 ## 1.3.0 — vault 偵測（Logseq / Obsidian）+ Cowork 整理 skill
 
 **新增**
diff --git a/scripts/update.sh b/scripts/update.sh
index 6ccd0c5..c8eb60d 100755
--- a/scripts/update.sh
+++ b/scripts/update.sh
@@ -21,6 +21,7 @@ TEMPLATE_URL="$REPO_RAW/template"
 UPDATED=()
 KEPT=()
 NEW=()
+TEMPLATED=()
 
 # ── 版本比對：先看本機 vs 遠端，給使用者「值不值得更新」的判斷 ──
 LOCAL_VER="(未知)"
@@ -77,6 +78,29 @@ keep_file() {
   [ -f "$1" ] && KEPT+=("$1") || true
 }
 
+# 客製檔：使用者一定會手填內容（如 pre-write-guard.sh）。
+#   - 已存在 → 絕不覆蓋，但把最新模板版抓到 <檔名>.template.sh 旁邊，供使用者自行 diff 採納。
+#   - 不存在 → 視同新檔，直接抓本體（第一次安裝才會走這條）。
+keep_with_template() {
+  local dest="$1" src="$2"
+  if [ -f "$dest" ]; then
+    KEPT+=("$dest")
+    local tmpl="${dest%.sh}.template.sh"
+    if curl -sSL "$src" -o "$tmpl.tmp" 2>/dev/null && [ -s "$tmpl.tmp" ]; then
+      if [ -f "$tmpl" ] && cmp -s "$tmpl" "$tmpl.tmp"; then
+        rm -f "$tmpl.tmp"            # 模板版沒變，不重複提示
+      else
+        mv "$tmpl.tmp" "$tmpl"
+        TEMPLATED+=("$tmpl")
+      fi
+    else
+      rm -f "$tmpl.tmp"
+    fi
+  else
+    update_file "$dest" "$src"        # 還沒裝過 → 當新檔處理
+  fi
+}
+
 # ── 偵測已安裝哪些模組（依現有檔案判斷，更新只動已裝的）──
 HAS_WIKI=false
 HAS_SDD=false
@@ -89,9 +113,14 @@ $HAS_SDD  && echo "   • SDD"
 { $HAS_WIKI || $HAS_SDD; } || echo "   （未偵測到任何模組——這裡可能還沒安裝，請改跑 install.sh）"
 echo ""
 
+# ── 客製檔：使用者手填的 guardrail，永不覆蓋（issue #3）──
+# pre-write-guard.sh 的定位是「空白客製模板，使用者沒配置前不提供保護」（CHANGELOG 1.2.0）。
+# 下游通常已塞滿自己的 enforcement，直接覆蓋＝無聲關掉整套 guardrail。
+# 改為：保留原檔不動，新版範本另存 pre-write-guard.template.sh，由使用者自行 diff 採納。
+keep_with_template ".claude/hooks/pre-write-guard.sh" "$TEMPLATE_URL/.claude/hooks/pre-write-guard.sh"
+
 # ── 模板/邏輯檔：覆蓋更新 ──────────────────────────
 # 共用 hook 與指引
-update_file ".claude/hooks/pre-write-guard.sh" "$TEMPLATE_URL/.claude/hooks/pre-write-guard.sh"
 update_file ".claude/commands/issue-handle.md" "$TEMPLATE_URL/.claude/commands/issue-handle.md"
 update_file ".claude/VERSION"                  "$TEMPLATE_URL/.claude/VERSION"
 
@@ -154,6 +183,14 @@ if [ ${#KEPT[@]} -gt 0 ]; then
   echo "🔒 完整保留（你的內容/設定，從未碰過）："
   for f in "${KEPT[@]}"; do echo "   = $f"; done
 fi
+if [ ${#TEMPLATED[@]} -gt 0 ]; then
+  echo ""
+  echo "📋 客製檔有新版範本（你的原檔沒動，新版另存旁邊，請自行 diff 採納）："
+  for f in "${TEMPLATED[@]}"; do
+    echo "   → $f"
+    echo "      比對：diff \"${f%.template.sh}.sh\" \"$f\""
+  done
+fi
 
 # ── settings.json 提醒：新模組 hook 可能要手動補 ──
 if [ -f ".claude/settings.json" ]; then
diff --git a/template/.claude/VERSION b/template/.claude/VERSION
index f0bb29e..3a3cd8c 100644
--- a/template/.claude/VERSION
+++ b/template/.claude/VERSION
@@ -1 +1 @@
-1.3.0
+1.3.1