feat: ingest 寫入端 + deprecate + get_source/refresh + wiki 合併 (issue #1 T3) (#2)

* chore(wiki): 導入 system-dev-template + 合併 wiki 到新位置

- system-dev/ 模板包進版控（VERSION/docs/scripts/wiki 骨架）
- 逐檔合併舊 .claude/wiki/ → system-dev/wiki/：
  - status/mistakes/decisions-summary 真資料覆蓋空範本
  - INDEX 新「多角度視圖」結構 + 舊決策/導航併入（過時詞「萬物皆 Block」改 API-as-Wall）
  - principles/TAXONOMY 為新位置獨有，保留
- 刪舊 .claude/wiki/（git 識別為 rename，內容完整搬移）
- 三層機敏防護 hooks + wiki 命令更新

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

* docs(sdd): 立 ingest-contract SDD + 搬入 ingest-candidate 契約 (T3.1+T3.8)

對應 issue #1（頂層 mira-dissolve T3）。

- contracts/ingest-candidate.json：ingest→graph 邊界契約（自頂層搬入）
- contracts/README.md：標明候選(輸入)≠已存(triplet)
- docs/3-specs/ingest-contract/design.md + tasks.md：
  - ensureTemplate 改 slot-diff 補丁（取代 early-return，免遷移腳本）
  - 補 KbdbClient.updateRecord（base PATCH /records/:id）
  - ingest 流程：驗證(422)→idempotency(uri+hash)→先 append 後 deprecate
  - triplet template 增 source_uri+content_hash slot 承載 idempotency
  - 跨 repo 協調點（3.6 圖工具併 KBDB MCP）明列需 arcrun 配合

總管已認可四個設計決定（issue #1 comment）。鐵律：零建表/零 SQL/零 migration。

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

* feat(ingest): POST /triplets/ingest 寫入端 + deprecate-then-append (T3.2-3.5)

對應 issue #1 T3 B 段。

- templates: TRIPLET_SLOTS 加 status/superseded_by/source_uri/content_hash；
  ENTITY_SLOTS 加 gloss；recordToTriplet 映射新欄位（缺省 status=active 相容舊資料）
- kbdb-client: ensureTemplate 改 slot-diff 補丁（既有 template 走 PATCH /templates/:id
  補缺 slot，取代 early-return → 免遷移腳本）；新增 updateRecord（PATCH /records/:id）
- triplet-ingest action（88 行純函式）：Zod strict 鏡射 ingest-candidate 契約 →
  idempotency（uri+hash 同→no-op）→ 先 append 後 deprecate（無「全無 active」空窗）
- POST /triplets/ingest route：strict 驗證失敗 → 422（禁送 graph 領域欄位）
- queryTriplets 預設 active-only（traverse/search/neighbors 皆經此），
  includeDeprecated opt-out 供 rollback/考古
- 6 測試案全綠（vitest 16 passed）；mock-client 同步 slot-diff + updateRecord

gates: zero SQL / zero migration / 無 D1·Vectorize·AI 綁定 / dry-run bundle 乾淨

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

* feat(graph): get_source + refresh 端點 + keyword 收斂 (T3.6-3.7)

對應 issue #1 T3 C 段（圖工具 HTTP API 備好，MCP 註冊薄殼待 arcrun）。

- get_source (3.7): graph-source.ts + GET /graph/source/:name —
  回節點的 active triplet 來源指標（uri/anchor/block_id/content_hash），去重。
  連帶加 source_anchor slot，ingest 從 source.anchor 帶入
- refresh (3.6/3.6b): graph-refresh.ts + POST /graph/refresh —
  純被動代轉 ingest（KBDB_INGEST_URL），只人發起、無排程/webhook（fan-out 紅線）。
  未設 URL → 誠實 forwarded:false，不假綠
- 3.6d: POST /search 移除公開 keyword 模式（重複 KBDB MCP），收斂 suggest-only；
  keywordSearch helper 留作 suggest 內部建構塊
- 3 新測試（get_source uri+anchor / active-only / refresh 未就緒誠實回報）

gates: vitest 19 passed / zero SQL / 無新綁定 / dry-run bundle 乾淨
待接：MCP 註冊薄殼併 arcrun u6u-mcp-server；refresh 端到端待 ingest(T4) 部署

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

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Co-authored-by: richblack <leo21c@gmail.com>
Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

src/actions/triplet-ingest.ts

@@ -0,0 +1,83 @@
+// ingest 寫入端 — 收 ingest-candidate envelope，做 idempotency + deprecate-then-append。
+// 契約：contracts/ingest-candidate.json。鐵律：走 base API、零 SQL。
+// 取代策略：先 append 新批 active，後翻舊批 status=deprecated（中途失敗不留「全無 active」空窗）。
+
+import { z } from '@hono/zod-openapi';
+import type { KbdbClient } from '../lib/kbdb-client';
+import { TPL_TRIPLET, ensurePluginTemplates, recordToTriplet } from '../lib/templates';
+import { createTriplet } from './triplet-crud';
+
+// Zod 鏡射契約：strict() = additionalProperties:false → 禁送欄位 422（route 把 ZodError 轉 422）。
+const NodeSchema = z.object({
+  name: z.string().min(1),
+  gloss: z.string().optional(),
+  entity_type: z.enum(['person', 'event', 'product', 'market', 'org']).optional(),
+}).strict();
+
+const EdgeSchema = z.object({
+  subject: z.string().min(1),
+  predicate: z.string().min(1),
+  object: z.string().min(1),
+  confidence: z.number().min(0).max(1).optional(),
+}).strict();
+
+export const IngestEnvelopeSchema = z.object({
+  source: z.object({
+    uri: z.string().min(1),
+    content_hash: z.string().min(1),
+    anchor: z.string().optional(),
+    commit: z.string().optional(),
+    block_id: z.string().optional(),
+  }).strict(),
+  extractor: z.object({
+    model: z.string().min(1),
+    tier: z.enum(['shallow', 'deep']),
+    extracted_at: z.number().int().optional(),
+  }).strict(),
+  nodes: z.array(NodeSchema).optional(),
+  triplets: z.array(EdgeSchema).min(1),
+}).strict();
+
+export type IngestEnvelope = z.infer<typeof IngestEnvelopeSchema>;
+
+export type IngestResult = { skipped: boolean; ingested: number; deprecated: number };
+
+/** 收 envelope → idempotency → 先 append 後 deprecate。回 {skipped,ingested,deprecated}。 */
+export async function ingestEnvelope(
+  client: KbdbClient,
+  env: IngestEnvelope,
+  owner_id?: string,
+): Promise<IngestResult> {
+  await ensurePluginTemplates(client);
+
+  // 同 source_uri 的現存 active triplet（idempotency 分組 + 待 deprecate 對象）。
+  const all = (await client.listRecordsByTemplate(TPL_TRIPLET, owner_id)).map(recordToTriplet);
+  const priorActive = all.filter((t) => t.source_uri === env.source.uri && t.status === 'active');
+
+  // 同 hash → no-op（envelope 已落地過）。
+  if (priorActive.some((t) => t.content_hash === env.source.content_hash)) {
+    return { skipped: true, ingested: 0, deprecated: 0 };
+  }
+
+  // 1) 先 append 新批 active。
+  for (const e of env.triplets) {
+    await createTriplet(client, {
+      subject: e.subject,
+      predicate: e.predicate,
+      object: e.object,
+      confidence: e.confidence,
+      source_block_id: env.source.block_id,
+      source_uri: env.source.uri,
+      content_hash: env.source.content_hash,
+      source_anchor: env.source.anchor,
+      owner_id,
+    });
+  }
+
+  // 2) 後翻舊批 status=deprecated（指向本批 source_uri；append 在前 → 無空窗）。
+  for (const old of priorActive) {
+    await client.updateRecord(old.id, { status: 'deprecated', superseded_by: env.source.content_hash });
+  }
+
+  return { skipped: false, ingested: env.triplets.length, deprecated: priorActive.length };
+}