feat: ingest 寫入端 + deprecate + get_source/refresh + wiki 合併 (issue #1 T3) (#2)

* chore(wiki): 導入 system-dev-template + 合併 wiki 到新位置

- system-dev/ 模板包進版控（VERSION/docs/scripts/wiki 骨架）
- 逐檔合併舊 .claude/wiki/ → system-dev/wiki/：
  - status/mistakes/decisions-summary 真資料覆蓋空範本
  - INDEX 新「多角度視圖」結構 + 舊決策/導航併入（過時詞「萬物皆 Block」改 API-as-Wall）
  - principles/TAXONOMY 為新位置獨有，保留
- 刪舊 .claude/wiki/（git 識別為 rename，內容完整搬移）
- 三層機敏防護 hooks + wiki 命令更新

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* docs(sdd): 立 ingest-contract SDD + 搬入 ingest-candidate 契約 (T3.1+T3.8)

對應 issue #1（頂層 mira-dissolve T3）。

- contracts/ingest-candidate.json：ingest→graph 邊界契約（自頂層搬入）
- contracts/README.md：標明候選(輸入)≠已存(triplet)
- docs/3-specs/ingest-contract/design.md + tasks.md：
  - ensureTemplate 改 slot-diff 補丁（取代 early-return，免遷移腳本）
  - 補 KbdbClient.updateRecord（base PATCH /records/:id）
  - ingest 流程：驗證(422)→idempotency(uri+hash)→先 append 後 deprecate
  - triplet template 增 source_uri+content_hash slot 承載 idempotency
  - 跨 repo 協調點（3.6 圖工具併 KBDB MCP）明列需 arcrun 配合

總管已認可四個設計決定（issue #1 comment）。鐵律：零建表/零 SQL/零 migration。

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* feat(ingest): POST /triplets/ingest 寫入端 + deprecate-then-append (T3.2-3.5)

對應 issue #1 T3 B 段。

- templates: TRIPLET_SLOTS 加 status/superseded_by/source_uri/content_hash；
  ENTITY_SLOTS 加 gloss；recordToTriplet 映射新欄位（缺省 status=active 相容舊資料）
- kbdb-client: ensureTemplate 改 slot-diff 補丁（既有 template 走 PATCH /templates/:id
  補缺 slot，取代 early-return → 免遷移腳本）；新增 updateRecord（PATCH /records/:id）
- triplet-ingest action（88 行純函式）：Zod strict 鏡射 ingest-candidate 契約 →
  idempotency（uri+hash 同→no-op）→ 先 append 後 deprecate（無「全無 active」空窗）
- POST /triplets/ingest route：strict 驗證失敗 → 422（禁送 graph 領域欄位）
- queryTriplets 預設 active-only（traverse/search/neighbors 皆經此），
  includeDeprecated opt-out 供 rollback/考古
- 6 測試案全綠（vitest 16 passed）；mock-client 同步 slot-diff + updateRecord

gates: zero SQL / zero migration / 無 D1·Vectorize·AI 綁定 / dry-run bundle 乾淨

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* feat(graph): get_source + refresh 端點 + keyword 收斂 (T3.6-3.7)

對應 issue #1 T3 C 段（圖工具 HTTP API 備好，MCP 註冊薄殼待 arcrun）。

- get_source (3.7): graph-source.ts + GET /graph/source/:name —
  回節點的 active triplet 來源指標（uri/anchor/block_id/content_hash），去重。
  連帶加 source_anchor slot，ingest 從 source.anchor 帶入
- refresh (3.6/3.6b): graph-refresh.ts + POST /graph/refresh —
  純被動代轉 ingest（KBDB_INGEST_URL），只人發起、無排程/webhook（fan-out 紅線）。
  未設 URL → 誠實 forwarded:false，不假綠
- 3.6d: POST /search 移除公開 keyword 模式（重複 KBDB MCP），收斂 suggest-only；
  keywordSearch helper 留作 suggest 內部建構塊
- 3 新測試（get_source uri+anchor / active-only / refresh 未就緒誠實回報）

gates: vitest 19 passed / zero SQL / 無新綁定 / dry-run bundle 乾淨
待接：MCP 註冊薄殼併 arcrun u6u-mcp-server；refresh 端到端待 ingest(T4) 部署

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Co-authored-by: richblack <leo21c@gmail.com>
Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) <noreply@anthropic.com>

src/actions/triplet-crud.ts

@@ -18,6 +18,9 @@ export type CreateTripletData = {
   bridge_score?: number;
   subject_entity_type?: string;
   object_entity_type?: string;
+  source_uri?: string;
+  content_hash?: string;
+  source_anchor?: string;
 };
 
 /** 建立三元組 → POST /records（template=triplet）。 */
@@ -37,10 +40,14 @@ export async function createTriplet(
     confidence: String(data.confidence ?? 1.0),
     clusters_json: JSON.stringify(clusters),
     bridge_score: String(bridgeScore),
+    status: 'active',
   };
   if (data.source_block_id) values.source_block_id = data.source_block_id;
   if (data.subject_entity_type) values.subject_entity_type = data.subject_entity_type;
   if (data.object_entity_type) values.object_entity_type = data.object_entity_type;
+  if (data.source_uri) values.source_uri = data.source_uri;
+  if (data.content_hash) values.content_hash = data.content_hash;
+  if (data.source_anchor) values.source_anchor = data.source_anchor;
 
   const id = await client.createRecord(TPL_TRIPLET, values, data.owner_id);
   return { id, subject: data.subject, predicate: data.predicate, object: data.object };
@@ -54,6 +61,7 @@ export type TripletFilters = {
   offset?: number;
   owner_id?: string;
   entity_type?: string;
+  includeDeprecated?: boolean;  // 預設只回 active；rollback/考古才開（T3.5）
 };
 
 /** 查三元組 → 取 template 全部 record，插件層 filter（base 無複合 slot 查詢）。 */
@@ -64,6 +72,9 @@ export async function queryTriplets(
   const records = await client.listRecordsByTemplate(TPL_TRIPLET, filters.owner_id);
   let triplets = records.map(recordToTriplet);
 
+  // active-only：deprecated 不進圖遍歷/查詢（缺省 status 視為 active，相容舊資料）。
+  if (!filters.includeDeprecated) triplets = triplets.filter((t) => t.status === 'active');
+
   if (filters.subject) triplets = triplets.filter((t) => t.subject === filters.subject);
   if (filters.predicate) triplets = triplets.filter((t) => t.predicate === filters.predicate);
   if (filters.object) triplets = triplets.filter((t) => t.object === filters.object);