feat: ingest 寫入端 + deprecate + get_source/refresh + wiki 合併 (issue #1 T3) (#2)

* chore(wiki): 導入 system-dev-template + 合併 wiki 到新位置

- system-dev/ 模板包進版控（VERSION/docs/scripts/wiki 骨架）
- 逐檔合併舊 .claude/wiki/ → system-dev/wiki/：
  - status/mistakes/decisions-summary 真資料覆蓋空範本
  - INDEX 新「多角度視圖」結構 + 舊決策/導航併入（過時詞「萬物皆 Block」改 API-as-Wall）
  - principles/TAXONOMY 為新位置獨有，保留
- 刪舊 .claude/wiki/（git 識別為 rename，內容完整搬移）
- 三層機敏防護 hooks + wiki 命令更新

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* docs(sdd): 立 ingest-contract SDD + 搬入 ingest-candidate 契約 (T3.1+T3.8)

對應 issue #1（頂層 mira-dissolve T3）。

- contracts/ingest-candidate.json：ingest→graph 邊界契約（自頂層搬入）
- contracts/README.md：標明候選(輸入)≠已存(triplet)
- docs/3-specs/ingest-contract/design.md + tasks.md：
  - ensureTemplate 改 slot-diff 補丁（取代 early-return，免遷移腳本）
  - 補 KbdbClient.updateRecord（base PATCH /records/:id）
  - ingest 流程：驗證(422)→idempotency(uri+hash)→先 append 後 deprecate
  - triplet template 增 source_uri+content_hash slot 承載 idempotency
  - 跨 repo 協調點（3.6 圖工具併 KBDB MCP）明列需 arcrun 配合

總管已認可四個設計決定（issue #1 comment）。鐵律：零建表/零 SQL/零 migration。

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* feat(ingest): POST /triplets/ingest 寫入端 + deprecate-then-append (T3.2-3.5)

對應 issue #1 T3 B 段。

- templates: TRIPLET_SLOTS 加 status/superseded_by/source_uri/content_hash；
  ENTITY_SLOTS 加 gloss；recordToTriplet 映射新欄位（缺省 status=active 相容舊資料）
- kbdb-client: ensureTemplate 改 slot-diff 補丁（既有 template 走 PATCH /templates/:id
  補缺 slot，取代 early-return → 免遷移腳本）；新增 updateRecord（PATCH /records/:id）
- triplet-ingest action（88 行純函式）：Zod strict 鏡射 ingest-candidate 契約 →
  idempotency（uri+hash 同→no-op）→ 先 append 後 deprecate（無「全無 active」空窗）
- POST /triplets/ingest route：strict 驗證失敗 → 422（禁送 graph 領域欄位）
- queryTriplets 預設 active-only（traverse/search/neighbors 皆經此），
  includeDeprecated opt-out 供 rollback/考古
- 6 測試案全綠（vitest 16 passed）；mock-client 同步 slot-diff + updateRecord

gates: zero SQL / zero migration / 無 D1·Vectorize·AI 綁定 / dry-run bundle 乾淨

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* feat(graph): get_source + refresh 端點 + keyword 收斂 (T3.6-3.7)

對應 issue #1 T3 C 段（圖工具 HTTP API 備好，MCP 註冊薄殼待 arcrun）。

- get_source (3.7): graph-source.ts + GET /graph/source/:name —
  回節點的 active triplet 來源指標（uri/anchor/block_id/content_hash），去重。
  連帶加 source_anchor slot，ingest 從 source.anchor 帶入
- refresh (3.6/3.6b): graph-refresh.ts + POST /graph/refresh —
  純被動代轉 ingest（KBDB_INGEST_URL），只人發起、無排程/webhook（fan-out 紅線）。
  未設 URL → 誠實 forwarded:false，不假綠
- 3.6d: POST /search 移除公開 keyword 模式（重複 KBDB MCP），收斂 suggest-only；
  keywordSearch helper 留作 suggest 內部建構塊
- 3 新測試（get_source uri+anchor / active-only / refresh 未就緒誠實回報）

gates: vitest 19 passed / zero SQL / 無新綁定 / dry-run bundle 乾淨
待接：MCP 註冊薄殼併 arcrun u6u-mcp-server；refresh 端到端待 ingest(T4) 部署

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Co-authored-by: richblack <leo21c@gmail.com>
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.claude/commands/wiki-capture.md

@@ -7,13 +7,21 @@
 
 ## 執行流程
 
+### 第零步：機敏檢查（寫入前一律先過）
+
+把任何內容寫進 wiki 前，先確認**不含**密碼 / API 金鑰 / 私鑰 / 連線字串帳密 / 個資（身分證、信用卡）。
+- 命中 → 不要記「值」，改記「位置」（例：「DB 密碼放 `.env`，不入 wiki」）
+- 來源整檔機敏 → 提醒使用者加進 `system-dev/wiki/.wikiignore`
+- 真要保留示範格式 → 該行尾加 `wiki-secret-ok` 標記
+> 這是協議層自律。最後一道 `wiki-secret-scan.sh` hook 會在寫入 `system-dev/wiki/` 時機械攔截，但別依賴它兜底——當場就不要把機敏值帶進來。
+
 ### 第一步：辨識對話中的可記錄內容
 
 掃描當前對話，找出：
 
 | 類型 | 判斷標準 | 存到哪 |
 |------|---------|-------|
-| 架構決策 | 「為什麼選A不選B」「我們決定用X」 | `decisions-summary.md` + `docs/2-architecture/decisions/` |
+| 架構決策 | 「為什麼選A不選B」「我們決定用X」 | `decisions-summary.md` + `system-dev/docs/2-architecture/decisions/` |
 | CC 的誤解被糾正 | CC 說了某件事，使用者說「不是，是...」 | `mistakes.md` |
 | 重要狀態更新 | 完成了某件事、阻擋了某件事 | `status.md` |
 | 技術發現 | 踩到坑、找到解法、重要行為確認 | `mistakes.md` 或對應 SDD |
@@ -51,10 +59,10 @@
 ## [主題] — [YYYY-MM-DD]
 **結論**：[一句話]
 **原因**：[簡短說明]
-**詳細**：docs/2-architecture/decisions/[檔名]
+**詳細**：system-dev/docs/2-architecture/decisions/[檔名]
 ```
 
-重大決策同時在 `docs/2-architecture/decisions/` 建立 ADR 檔案。
+重大決策同時在 `system-dev/docs/2-architecture/decisions/` 建立 ADR 檔案。
 
 ### 第四步：確認