fix(kbdb): /entries/search 服務端濾 deprecated（keyword+semantic），修下架不生效

daemon-beta t24（t11 斷點①②，總管 0.971 親復現）：rag_takedown_direct 下架只把
metadata_json.status 標 deprecated（軟刪，append-only），但 /entries/search 兩 mode
都不濾，已下架內容照樣回傳——semantic 甚至最高分照吐。過去唯一的濾層只在
cypher-executor/portal-data.ts 客端（Arcrun#46），沒部署 rag_chat 的實例等於完全沒濾。

- entry-crud.ts：新增 json_extract($.status) NOT_DEPRECATED_PREDICATE（同 source/library
  既有 json_extract 模式，issue #5.1/#18；不用 LIKE 避免 JSON 序列化格式誤判）；
  searchEntries 新增 includeDeprecated 參數（尾端新增，向後相容）。
  新增 isDeprecatedEntry：semantic 路徑用（Vectorize metadata 沒存 status，只能 hydrate
  回完整 entry 後 JS 側判斷）。
- entries.ts：/entries/search 新增 include_deprecated 開關（預設 false，濾掉；true 給
  管理面查殘留）。semantic 分支補位——過濾生效時先以 topK×3（封頂 100）向 Vectorize
  多撈，hydrate+濾完再截斷回 caller 要求的量，避免命中大半下架時整頁被吃光
  （t11 ZZ-T10 實測案例）。
- Vectorize 向量殘留本 PR 不動（只做查詢時過濾，not 同步刪向量）——取捨見 PR 描述。

測試：新增 search-deprecated-filter.test.ts 15 案（keyword 濾/include_deprecated 開關/
semantic 濾+補位+封頂+截斷/isDeprecatedEntry 單元）；同步更新 search-source-and-score.test.ts
3 案的 topK 期望值（route 補位改變送進 Vectorize 的實際 topK，回應對外契約不變）。
kbdb 全套 60/60 綠、tsc --noEmit 乾淨。

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>

kbdb/src/routes/entries.ts

@@ -8,6 +8,7 @@ import {
   updateEntry,
   deleteEntry,
   searchEntries,
+  isDeprecatedEntry,
 } from '../actions/entry-crud';
 import { embedEnabled, embedOnWrite, semanticSearch } from '../embed';
 
@@ -65,6 +66,10 @@ entryRoutes.get('/', async (c) => {
 //   - top_k / min_score（#67，semantic 專用）：topK 可調（預設 20、上限 100）＋分數閾值
 //     （預設 0＝不過濾）。未帶＝行為與舊版一致（向後相容）；semantic 回應的 entry 另附 score
 //     欄讓 caller 自裁（加欄不改形，keyword 路徑不受影響）。
+//   - include_deprecated（daemon-beta t24，預設 false）：兩 mode 預設都濾掉已下架
+//     （metadata_json.status==='deprecated'）的 entry——這是本次修的洞（t11 斷點①②，總管
+//     0.971 親復現：下架後 keyword/semantic 都照樣回傳）。傳 `include_deprecated=true`
+//     保留給管理面查殘留（驗證下架有沒有真的生效、盤點待清的向量殘留），一般搜尋不帶。
 entryRoutes.get('/search', async (c) => {
   const q = c.req.query('q');
   if (!q) return c.json({ success: false, error: 'q required' }, 400);
@@ -73,6 +78,7 @@ entryRoutes.get('/search', async (c) => {
   const entry_type = c.req.query('entry_type') || undefined;
   const library = parseLibraryParam(c.req.query('library'));
   const mode = c.req.query('mode') === 'semantic' ? 'semantic' : 'keyword';
+  const include_deprecated = c.req.query('include_deprecated') === 'true';
   // 數字參數防呆：非數字/非正 → 當沒帶（回預設），不 400——與其他 filter「壞值靜默忽略」一致。
   const topKNum = Number(c.req.query('top_k'));
   const top_k = Number.isFinite(topKNum) && topKNum > 0 ? Math.floor(topKNum) : undefined;
@@ -80,12 +86,23 @@ entryRoutes.get('/search', async (c) => {
   const min_score = Number.isFinite(minScoreNum) && minScoreNum > 0 ? minScoreNum : undefined;
 
   if (mode === 'semantic') {
+    // 補位（daemon-beta t24）：Vectorize 的 indexed metadata 沒存 status（見 embed.ts upsert，
+    // 只有 owner_id/entry_type/source/library），下架與否只能在 hydrate 回完整 entry 後才知道
+    // ——換句話說 Vectorize 端沒辦法直接濾掉已下架向量，濾一定發生在 hydrate 之後。
+    // 若濾完才截斷到請求的 topK，遇到「這頁命中大半已下架」（t11 ZZ-T10 實測案例：命中
+    // 25 顆全下架）就會整頁被吃光、回傳筆數遠低於 caller 要的量。故过濾生效時（非
+    // include_deprecated）**先多撈一批再濾再截斷**：單次 Vectorize query 成本不變（同一次
+    // query 只是 topK 參數變大，非多一次 subrequest），用查詢端的餘量換掉「整頁被下架品吃光」
+    // 的體驗劣化。這是單輪補位（非重試迴圈到湊滿為止）——若下架比例極高仍可能不足額，
+    // 已在 PR 描述向 leo 說明這個 trade-off（多倍 margin vs 迴圈重撈的取捨）。
+    const requestedTopK = top_k ?? 20; // 與 embed.ts semanticSearch 的預設 topK 對齊
+    const fetchTopK = include_deprecated ? requestedTopK : Math.min(requestedTopK * 3, 100);
     const hits = await semanticSearch(c.env, q, {
-      owner_id, source, entry_type, library, topK: top_k, min_score,
+      owner_id, source, entry_type, library, topK: fetchTopK, min_score,
     });
     if (hits === null) {
       // 模組沒開：誠實降級 keyword + 告知「叫 CC 幫你開 vectorize」（不假裝有語義）。
-      const entries = await searchEntries(c.env.DB, q, owner_id, entry_type, undefined, library, source);
+      const entries = await searchEntries(c.env.DB, q, owner_id, entry_type, undefined, library, source, include_deprecated);
       return c.json({
         success: true,
         entries,
@@ -98,7 +115,7 @@ entryRoutes.get('/search', async (c) => {
     }
     // hydrate vector hits → 完整 entry（保持回應形狀與 keyword 一致）。
     // #67：entry 附 score（相似分數）——加欄不改形，既有 caller 不解析多的欄位不受影響。
-    const entries = (
+    let entries = (
       await Promise.all(
         hits.map(async (h) => {
           const e = await getEntry(c.env.DB, h.id);
@@ -106,10 +123,15 @@ entryRoutes.get('/search', async (c) => {
         }),
       )
     ).filter((e): e is NonNullable<typeof e> => e !== null);
+    if (!include_deprecated) {
+      entries = entries.filter((e) => !isDeprecatedEntry(e));
+    }
+    // 補位後截斷回 caller 實際要的量（多撈的餘量只用來墊背，不多回傳超過請求的筆數）。
+    entries = entries.slice(0, requestedTopK);
     return c.json({ success: true, entries, count: entries.length, mode: 'semantic' });
   }
 
-  const entries = await searchEntries(c.env.DB, q, owner_id, entry_type, undefined, library, source);
+  const entries = await searchEntries(c.env.DB, q, owner_id, entry_type, undefined, library, source, include_deprecated);
   return c.json({ success: true, entries, count: entries.length, mode: 'keyword' });
 });