diff --git a/cli/src/lib/deploy.ts b/cli/src/lib/deploy.ts
index 854bece..4afdd1f 100644
--- a/cli/src/lib/deploy.ts
+++ b/cli/src/lib/deploy.ts
@@ -397,6 +397,16 @@ function injectWranglerConfig(tomlPath: string, ctx: DeployContext): void {
   // 只對有 [vars] 的 worker（mcp / cypher-executor）生效；其餘無 [vars] 的不動。
   if (ctx.selfHosted) {
     toml = injectMultiTenant(toml);
+
+    // self-hosted：把 cypher 的 KBDB_BASE_URL 從官方 arcrun-kbdb.uncle6-me 改成用戶自己帳號的
+    // arcrun-kbdb.<subdomain>.workers.dev（issue #2）。比照 database_id / MULTI_TENANT 注入模式。
+    // 漏這一個 → cypher /kbdb/* fallback 到官方 kbdb worker，self-hosted 資料寫進官方庫（隔離破損）。
+    if (ctx.workerSubdomain) {
+      toml = toml.replace(
+        /(KBDB_BASE_URL\s*=\s*")[^"]*(")/,
+        `$1https://arcrun-kbdb.${ctx.workerSubdomain}.workers.dev$2`,
+      );
+    }
   }
 
   toml = stripOfficialOnlyBindings(toml);