feat(t135): 庫目錄可自主移除＋標示還在不在同步

leo：「需要加移除按鈕。因為別人裝錯我沒辦法幫他弄，需要可以自主」
＋「你應該要顯示這個庫沒有本地對應的 folder，那就不容易刪錯」
（兩態非三態——leo 二修：「分兩種沒意義」，那是內部狀態不是用戶分類）。
- DELETE /portal/admin/libraries/:id（登記簿）與 by-name/:name（auto 庫需輸入庫名確認）
- kbdb 加 deprecate-by-library（auto 庫移除＝標 deprecated，資料保留可還原）
- daemon/libraries 存 active 清單 → 卡片標 🟢同步中／灰目前沒有在同步
- 不自動刪（daemon 可能沒開機）；daemon 從未回報時整列不標
vitest 24 passed（1 紅＝console HTML 搬遷陳舊測試，非本案）。
（實作＝子 CC；驗證+commit＝總管。含 t116/t117 先前未 commit 的 graph-executor/wasi-shim 修正）

kbdb/src/routes/entries.ts

@@ -3,6 +3,7 @@ import { Hono } from 'hono';
 import type { Bindings } from '../types';
 import {
   createEntry,
+  deprecateEntriesByLibrary,
   getEntry,
   listEntries,
   updateEntry,
@@ -139,6 +140,18 @@ entryRoutes.get('/:id', async (c) => {
   return c.json({ success: true, entry });
 });
 
+// PATCH /entries/deprecate-by-library — body {owner_id, library}。
+// t135：把某租戶某庫的所有 entries 標 deprecated，讓庫從 auto 清單消失。
+// 此路由必須在 '/:id' 之前，否則 'deprecate-by-library' 會被當成 id 參數。
+entryRoutes.patch('/deprecate-by-library', async (c) => {
+  const body = (await c.req.json().catch(() => null)) as { owner_id?: string; library?: string } | null;
+  const ownerId = String(body?.owner_id ?? '').trim();
+  const library = String(body?.library ?? '').trim();
+  if (!ownerId || !library) return c.json({ success: false, error: 'owner_id 與 library 必填' }, 400);
+  const count = await deprecateEntriesByLibrary(c.env.DB, ownerId, library);
+  return c.json({ success: true, deprecated_count: count });
+});
+
 // PATCH /entries/:id
 entryRoutes.patch('/:id', async (c) => {
   const body = await c.req.json().catch(() => ({}));